تتضمن أهم التطبيقات الصناعية للكيمياء الفوق جزيئية ما يلي:
1- التصنيع الدقيق: يمكن استخدام الكيمياء الفوق جزيئية لتحسين جودة ودقة تصنيع المنتجات.
2- الأشباه الموصلة: يمكن استخدام الكيمياء الفوق جزيئية لصنع أشباه موصلة عالية الأداء والتي تستخدم في تقنية النانو.
3- الأدوية: يمكن استخدام الكيمياء الفوق جزيئية لتطوير الأدوية وتحسين فعاليتها ودقتها.
4- العلوم البيولوجية: يمكن استخدام الكيمياء الفوق جزيئية في الأبحاث البيولوجية والتي تهتم بدراسة الحياة والكائنات الحية على المستوى الجزيئي.
5- الأغذية: يمكن استخدام الكيمياء الفوق جزيئية في صناعة الأغذية وتحسين نوعية وخواص المكونات الغذائية.
6- البيئة: يمكن استخدام الكيمياء الفوق جزيئية في الحفاظ على البيئة وتطوير تقنيات لتقليل الملوثات وتحسين جودة الهواء والماء.