تواجه المديرون في الإدارة الدُّنيا العديد من التحديات، ومن أهمها:
1- نقص الموارد المادية والبشرية: حيث يواجه المديرون صعوبة في توفير الموارد اللازمة لإدارة العمليات.
2- ضعف البنية التحتية: حيث يواجه المديرون صعوبة في توفير البنية التحتية اللازمة لتشغيل النظام بشكل سلس.
3- تحديات التشغيل: حيث يواجه المديرون صعوبة في تشغيل النظام بشكل سلس وفعال.
4- القانون واللوائح: حيث يواجه المديرون صعوبة في التعامل مع اللوائح والقوانين المتعلقة بالإدارة الدُّنيا.
5- التكنولوجيا: حيث يواجه المديرون صعوبة في تطبيق التكنولوجيا الحديثة في الإدارة الدُّنيا.
6- التعليم والتدريب: حيث يواجه المديرون صعوبة في توفير التدريب والتعليم المناسب للموظفين لتحسين مهاراتهم وزيادة كفاءتهم في العمل.