تواجه الإدارة العلمية العديد من التحديات التي يجب على الإداريين التغلب عليها لتحقيق النتائج المرجوة، ومن أهم هذه التحديات:
1- استحواذ العواطف: يواجه الإداريون تحديًا كبيرًا في التعامل مع العواطف والمشاعر التي قد تتدخل في عملية الاتخاذ القرارات العلمية المبنية على الأسس العلمية والمنهجية الصحيحة.
2- قياس الأداء: من الصعب بعض الأحيان قياس الأداء بطريقة علمية مؤكدة، ويمكن أن يتطلب ذلك عوامل وعمليات تحليلية معقدة ومتعددة.
3- الشفافية: يجب على الإداريين التأكد من وجود شفافية في العلاقات بين الإدارة والموظفين، وذلك من أجل تحقيق بيئة عمل صحية وإيجابية.
4- تطوير مهارات الموظفين: يجب على الإداريين العمل على تطوير مهارات الموظفين، وذلك من خلال توفير الدعم والتدريب اللازم لهم، بما يساعدهم على تطوير مهاراتهم وتحسين أدائهم.
5- تطبيق التكنولوجيا: يتطلب تطبيق الإدارة العلمية استخدام التكنولوجيا الحديثة في جميع جوانب العمل، وتحديث الأنظمة الإدارية القائمة بما يتوافق مع متطلبات العصر.