تواجه مشاريع البناء الاجتماعي العديد من التحديات، من بينها:
1- تمويل المشاريع: يعتبر الحصول على التمويل من أكبر التحديات التي تواجه مشاريع البناء الاجتماعي، حيث أن معظم هذه المشاريع تعتمد على التمويل من المانحين أو الجهات الحكومية.
2- ضيق الوقت: تحتاج مشاريع البناء الاجتماعي إلى العمل بأسرع وقت ممكن، حيث يعاني المستفيدون من الحاجة الماسة إلى الخدمات التي تقدمها هذه المشاريع.
3- التنسيق مع الجهات الحكومية: يجب أن يتم التنسيق الجيد مع الجهات الحكومية لضمان استجابة سريعة للمشكلات والتحديات التي تواجه المشروع.
4- تحديات البنية التحتية: يجب على مشاريع البناء الاجتماعي التعامل مع التحديات الهيكلية والبنية التحتية كالطرق السيئة ونقص المياه الصالحة للشرب.
5- المشكلات الاجتماعية والثقافية: قد تواجه المشاريع الاجتماعية تحديات اجتماعية وثقافية، مثل عدم القبول بالمشروع من قبل بعض أفراد المجتمع أو الثقافة المحلية.