تواجه دراسة المورفولوجيا الأرضية عددًا من التحديات في أجزاء مختلفة من العالم ومن أهمها:
1- توافر البيانات: تشكل توافر البيانات تحديًا كبيرًا في بعض المناطق التي تفتقر إلى بيانات دقيقة وموثوقة للتحقق من فروق الملامح الطبيعية.
2- التغيرات المناخية: تؤثر التغيرات المناخية على المناظر الطبيعية وتجعل من الصعب على الباحثين فهم التغيرات التي حدثت في السابق وتوقع التغيرات المستقبلية.
3- التأثيرات البشرية: تسبب التأثيرات البشرية كالتعدين والاستصلاح الزراعي والتجارة في تغير المناظر الطبيعية، وتسهم في إخفاق أنماط الملامح الطبيعية الأساسية.
4- القيود التقنية: تحتاج دراسة المورفولوجيا الأرضية إلى تقنيات معقدة مثل نظم المعلومات الجغرافية والاستشعار عن بعد، وتكلفة الحصول على هذه التقنيات أمر كبير للغاية في بعض المناطق.
5- التوافر الكافي للمتخصصين: تشكل نقص المتخصصين والخبراء في بعض المناطق تحدٍا كبيرًا، حيث أن تحليل الصور والبيانات الجوية يحتاج إلى خبرة كبيرة ومتخصصين في هذا المجال.