بنى محي الدين البركوي فلسفته الدينية والعقلية على عدة أسس أهمها:
1- الاعتقاد بوحدة الوجود وأن الله هو المصدر الأساسي لكل شيء.
2- الاعتقاد بأن العقل يجب أن يكون المرشد الأساسي في فهم الدين وفهم العالم.
3- التركيز على الفلسفة الإسلامية الأصيلة والتي تختلف عن الفلسفات الأخرى في العالم.
4- الإيمان بأن الإنسان هو مخلوق خاص له هدف ومعنى في الحياة وأنه يجب عليه العمل على تحقيق هذا الهدف.
5- الاعتقاد بأن الدين والعلم لا يتعارضان بل يتكاملان مع بعضهما البعض.
6- الاهتمام بالمسائل الاجتماعية والاقتصادية والسياسية والثقافية، والتي يجب أن تكون مبنية على أسس إسلامية وأخلاقية.