تعليم الاستقلالية والتفكير الذاتي في التربية الدينية يعتبر أمراً مهماً للغاية، حيث يؤدي إلى مجموعة من الفوائد المهمة، منها:
1- تمكين الأفراد من اتخاذ القرارات المستقلة بناءً على المعرفة والتفكير المنطقي والمعتمد على القيم الإسلامية.
2- تطوير الثقة بالنفس والاعتماد على الذات والتفكير الإبداعي والمستقل.
3- تشجيع التعاون والتواصل الإيجابي بين الأفراد، والاحترام المتبادل للآراء والأفكار المختلفة.
4- تعزيز الوعي والإدراك الديني، وزيادة التفهم والتسامح بين الأفراد.
5- تعزيز القيم الإسلامية العالية وتطبيقها بصورة ملموسة في الحياة اليومية للأفراد.
6- تمكين الأفراد من الحفاظ على هويتهم الإسلامية وتجنب الإرتباط بالعادات والتقاليد غير الإسلامية الضارة.