تلعب الهندسة الجيوفيزيائية دورًا حاسمًا في البحث عن المياه الجوفية، إذ تساعد في تحديد مكان تواجدها ونوعية الصخور والتربة التي تحتوي عليها، كما توفر أيضًا معلومات عن معدلات التدفق والتخزين والانخفاض والتحرك للمياه الجوفية. وبذلك، يمكن للمهندس الجيوفيزيائي أن يوفر معلومات مهمة للجهات المعنية بإدارة المياه واستهلاكها وتوزيعها وحمايتها، ويمكن أن تساعد على تحسين الإستخدام الأمثل للموارد المائية وحماية المياه الجوفية من التلوث والتدهور. كما يمكن أيضًا استخدام تقنيات الهندسة الجيوفيزيائية في البحث عن المياه الجوفية المالحة أو المياه التي تحتوي على ملوثات خطيرة، وبذلك تمنحنا أهمية هذه الهندسة في حفظ المياه الجوفية و الحفاظ على مستقبلها.
