تساعد الكروماتوغرافيا الثانوية الكابيليرية في فهم الكيمياء الفوق جزيئية بشكل كبير، حيث تتيح هذه التقنية للعلماء والباحثين الفرصة للتحقق من مكونات المركبات الكيميائية الصغيرة وتحليل تراكيزها وتمييزها عن بعضها البعض.
إذا كان لدينا مركب كيميائي معقد يتكون من عدة مركبات صغيرة، فيمكن استخدام تقنية الكروماتوغرافيا الثانوية الكابيليرية لفصل هذه المركبات عن بعضها البعض وتحليلها بشكل منفصل. وبذلك يمكن للباحثين فهم الصفات الفيزيائية والكيميائية لهذه المكونات الصغيرة وتحليلها بدقة.
وتستخدم تقنية الكابيليرية الثانوية من قبل الكثير من المجالات العلمية مثل الهندسة الكيميائية والتشريح التفاعلي للبروتين وتصميم الأدوية والتجهيز الغذائي والتكنولوجيا الحيوية وغيرها الكثير. ففهم الكيمياء الفوق جزيئية يساهم في تطوير إنتاج الأدوية والمواد الغذائية وتطوير مواد أخرى تستخدم في الجينات والأدوات الصناعية والإلكترونيات والتكنولوجيا الأخرى.