توجد العديد من أنواع مضخات المياه المستخدمة في هندسة التربة المائية، ومنها:
1- مضخات الطرد المركزي: وهي الأكثر استخداماً في هندسة التربة المائية، حيث تستخدم في رفع المياه من الآبار والأنهار والبحيرات إلى الأراضي الزراعية أو الأحياء السكنية والصناعية.
2- مضخات الغاطسة: وهي مضخات تم تصميمها للعمل تحت الماء، وتستخدم في رفع المياه من الآبار العميقة أو تصريف مياه الأمطار والأنهار في الأماكن الضيقة.
3- مضخات الشفط الذاتي: وهي مضخات تستخدم في رفع المياه من البحيرات والأنهار والآبار، وتتميز بالقدرة على العمل في الظروف الصعبة والمناطق النائية.
4- مضخات الطرد الجانبي: وهي مضخات تستخدم في تصريف مياه الأمطار ومياه الصرف الصحي في الأحياء السكنية والصناعية والمناطق الزراعية.
5- مضخات الهواء: وهي مضخات تستخدم في تهوية مياه الأنهار والبحيرات والمستنقعات، وتساعد على تحسين جودة المياه وتجنب تكون الطحالب والروائح الكريهة.