توجد العديد من أنواع الخرائط المائية، ومنها:
1- خرائط العمق: وهي تعرض عمق المياه في منطقة محددة.
2- خرائط الملاحة: والتي تعرض الموانئ والمسارات والمناطق الخطرة والشعاب المرجانية والعوائق الأخرى التي يجب تجنبها.
3- خرائط الأرضية الساحلية: والتي تعرض الأراضي القريبة من الشاطئ والمناطق الرطبة والمستنقعات والأنهار والجداول وغيرها.
4- خرائط الطقس البحري: والتي تعرض حركة الرياح والأمواج والرطوبة ودرجات الحرارة والأعاصير والعواصف الأخرى.
5- خرائط البحار والمحيطات: والتي تعرض خصائص البحار والمحيطات مثل درجة الحرارة والملوحة والتيارات والأعماق والمخلوطات المائية الأخرى.