هناك عدة أنواع من الترابط في الكيمياء الفوق جزيئية، ومنها:
1- الترابط الهيدروجيني: وهو ترابط يحدث بين ذرة هيدروجين موجبة وذرة أخرى متألفة سالبة مثل الأوكسجين والنيتروجين والفلور.
2- الترابط الأيوني: وهو ترابط يحدث بين ذرة موجبة وذرة سالبة لتكوين مركبات أيونية مثل NaCl.
3- الترابط التناظري: وهو ترابط يحدث بين ذرتين متماثلتين لتكوين جزيئ متناظر مثل الأكسجين O2.
4- الترابط التنافري: وهو ترابط يحدث بين ذرتين تتشاركان الإلكترونات لتكوين رابط تنافري مثل النيتروجين N2.