تشمل أدوات ومعدات الهندسة البيولوجية الأساسية:
1- مجهر بيولوجي: يستخدم لدراسة وتحليل العينات الحية بشكل دقيق.
2- مقياس الحمض النووي: يستخدم لتحليل وتركيب الحمض النووي.
3- المعدات الحيوية: تشمل بيو راكتورات وأدوات التكاثر الخلوي وغيرها ، وتستخدم لإنتاج المواد الحيوية مثل الأنزيمات والأدوية.
4- معدات التصوير: تستخدم لتصوير العينات الحية بوضوح وتفصيل.
5- مضخات: تستخدم لتحريك وتوزيع المواد الحيوية في الأنظمة الحيوية.
6- المجسات والمعدات الإلكترونية: تستخدم في قياس ومراقبة المعلمات البيولوجية مثل درجة الحموضة والتركيز الجزيئي.
7- آلات القطع واللحام: تستخدم في تشكيل وقطع المواد الحيوية مثل الأنسجة والخلايا.
8- أجهزة القياس والتحكم الآلي: تستخدم في مراقبة وتحكم العمليات البيولوجية والإنتاجية، وتستخدم أيضاً في الكشف المبكر عن التغييرات البيولوجية في الأنظمة المعقدة مثل الإنسان.