هناك العديد من أنظمة المحاسبة المستخدمة في المؤسسات المالية، ومنها:
1- نظام SAP
2- نظام Oracle Financials
3- نظام Dynamics AX
4- نظام Tally.ERP 9
5- نظام QuickBooks
6- نظام Sage 50
7- نظام Xero
تختلف هذه الأنظمة في الأداء والميزات والتكلفة والقدرة على التكيف مع احتياجات المؤسسة المالية. وتستخدم هذه الأنظمة لتسجيل العمليات المالية وتقديم التقارير المالية وإدارة الحسابات والمخزون والفواتير والأرصدة والمدفوعات وغيرها من الأنشطة المالية.