هناك عدة أنظمة تشغيل ممكن استخدامها لتشغيل الخوادم ومنها:
1- ويندوز سيرفر: هو نظام تشغيل من مايكروسوفت خاص بالخوادم ويستخدم بشكل واسع في الشركات.
2- لينكس: هو نظام تشغيل مفتوح المصدر، ويستخدم بشكل واسع في السيرفرات لسهولة التعديل عليه ومستويات الأمان التي يوفرها.
3- يونكس: هو نظام تشغيل قديم ومجاني مشابه للينكس.
4- ماك أو إس إكس سيرفر: هو نظام تشغيل من شركة أبل، يستخدم في بعض الخوادم وله مزايا خاصة عن النظام المستخدم في الحواسيب الشخصية.