الجهاز الطبي يستخدم أنظمة تشغيل متنوعة حسب نوع الجهاز واستخدامه، ويمكن أن تشمل:
1- ويندوز: نظام تشغيل الحواسيب الشخصية الشهير من شركة مايكروسوفت والذي يستخدم بشكل واسع في الجهاز الطبي خاصة للأجهزة الطبية الكبيرة والمتطورة.
2- لينكس: نظام تشغيل مجاني ومفتوح المصدر يستخدم في العديد من الأجهزة الطبية، حيث يتميز بالأمان والثبات على المدى الطويل.
3- IOS: نظام تشغيل من شركة آبل يستخدم في الأجهزة الطبية المتنقلة مثل الأجهزة اللوحية والهواتف الذكية.
4- Android: نظام تشغيل مفتوح المصدر يستخدم في الأجهزة الطبية المتنقلة مثل الأجهزة اللوحية والهواتف الذكية.