يمكن استخدام أنظمة تشغيل مختلفة للطائرات بدون طيار وتشمل:
1- نظام تشغيل مفتوح المصدر والذي يعتمد على نظام لينكس.
2- نظام تشغيل iOS المستخدم في منتجات شركة أبل.
3- نظام تشغيل Android المستخدم في أجهزة الهواتف المحمولة واللوحية.
4- نظام تشغيل Windows المستخدم في أجهزة الحواسيب الشخصية.
5- نظام تشغيل QNX المستخدم في قطاع السيارات والطيران.
6- نظام تشغيل VXWorks المستخدم في الطيران والدفاع.
يتم اختيار النظام الأنسب بناءً على احتياجات الطائرة ومتطلبات المهمة المطلوبة.