تعتبر الأمراض الأكثر شيوعًا في تربية الأرانب الزراعية هي:
1- مرض الإسهال المخاطي (Enteritis): وهو مرض يصيب الجهاز الهضمي ويتسبب في إسهال شديد، وخاصة عند الأرانب الصغيرة. يتم علاجه بالإجراءات الوقائية والتغذية الصحية.
2- مرض الحمى المتوسطة (Myxomatosis): وهو مرض فيروسي يصيب الأرانب وينتقل عن طريق الحشرات والقطط، ويتسبب في ظهور حصوات وبثور على الجسم. لا يوجد علاج لهذا المرض، ويتم الوقاية منه بتطعيم الأرانب.
3- مرض الفطريات (Fungal infections): وهو مرض يصيب الأرانب ويسبب ظهور تقرحات وحكة شديدة. يتم علاجه بالأدوية المضادة للفطريات.
4- مرض الأمعاء المتورمة (Bloat): وهو مرض يحدث عند تناول الأرانب كمية كبيرة من الأعلاف الجافة، ويتسبب في انتفاخ الأمعاء وصعوبة التنفس. يتم علاجه بإزالة الأعلاف الجافة وإعطاء الأرانب الخضروات الطازجة والماء.
5- مرض اللمفاويات المتعددة (Multisystemic Lymphoid Hyperplasia): وهو مرض يصيب الأرانب ويتسبب في تضخم الأعضاء اللمفاوية ونزف الدم. لا يوجد علاج لهذا المرض، ويتم الوقاية منه بالتحكم في الظروف البيئية والتغذية السليمة.