تتكون جامعة الأمير سلطان من عدة أقسام وكليات، وفيما يلي بعض الأقسام الرئيسية للجامعة:
1. كلية الهندسة والعلوم التطبيقية.
2. كلية العلوم الطبية التطبيقية.
3. كلية العلوم الإدارية.
4. كلية العلوم الطبية والصحية.
5. كلية العلوم الإنسانية.
6. كلية العلوم التربوية.
7. كلية العلوم الشرعية والدراسات الإسلامية.
8. كلية الطب البشري.
9. كلية الطب البيطري.
10. كلية الصيدلة.
11. كلية التمريض.
12. كلية التكنولوجيا.
13. كلية العلاج الطبيعي.
14. كلية العلوم الرياضية والحاسب الآلي.
وتحتوي الجامعة أيضًا على عدد من الإدارات والمراكز الأخرى التي تدعم عملية التعليم والبحث العلمي في الجامعة.
2