تشمل أفضل الممارسات لإدارة المياه الجوفية في هندسة التربة المائية:
1- التحليل الهيدرولوجي للمنطقة: يجب تقييم الوفرة والنقص في الموارد المائية وتحديد مصادر المياه الجوفية وتوزيعها.
2- تصميم النظام الهيدروليكي: يجب تصميم نظام استنزاف مياه الأمطار وإدخالها إلى المجاري المائية وترشيح هذه المياه للتخلص من الشوائب والرواسب.
3- مراقبة مستوى المياه الجوفية: يجب استخدام مراقبة مستوى المياه الجوفية لتقييم حالة المياه الجوفية والاحتياجات المائية في المستقبل.
4- التنوع في استخدام المياه الجوفية: يجب استخدام المياه الجوفية في الزراعة والصناعة والاستخدام المنزلي للحفاظ على الاستدامة البيئية.
5- التعاون مع الجهات الحكومية: يجب التعاون مع الجهات الحكومية المختلفة لتنفيذ الخطط الاستراتيجية لإدارة المياه الجوفية.