تصميم الجسور والأنفاق في هندسة التربة المائية يعتمد على عدة أسس أساسية، منها:
1- دراسة خصائص التربة والصخور الأساسية للموقع وتقدير قوة ومتانة التربة والصخور لدعم الجسر أو النفق.
2- تقدير الحمل الأقصى المتوقع على الجسر أو النفق وتحديد خصائص الأساس اللازم لتحمل هذا الحمل.
3- تصميم المنشأة الإنشائية بشكل يحقق الاستقرار الهيدروليكي في النهر أو القناة المائية.
4- دراسة خصائص المياه المائلة إلى الفيضان وتقدير ارتفاع المياه وعرض الممر المائي المطلوبين لمنع حدوث فيضان.
5- إجراء تصميم هندسي متكامل للجسر أو النفق يضمن الحفاظ على الاستقرار والتوازن الميكانيكي في الأحمال المختلفة.
6- توفير الأمان اللازم للمرور عبر الجسر أو النفق وحماية المستخدمين من التأثيرات الهيدروليكية أو الجوية المختلفة.