قد تختلف أسباب الفشل الدراسي في التعليم الخاص عن تلك في التعليم العام، ويمكن أن تشمل:
1- عدم توفير بيئة تعليمية مناسبة، مثل عدم توفير المعدات والمواد التعليمية اللازمة.
2- عدم توفير الموارد البشرية اللازمة، مثل الأساتذة والإداريين المدربين بشكل جيد.
3- عدم توفير الدعم اللازم للطلاب، مثل الدعم النفسي والاجتماعي.
4- عدم وجود خطة تعليمية مناسبة لكل طالب، تراعي احتياجاته وقدراته الفردية.
5- عدم تطوير برامج تعليمية حديثة ومتطورة، مما يؤدي إلى عدم مواكبة التعليم الخاص للتطورات الحديثة في العالم.
6- عدم توفير برامج تدريبية للأساتذة والإداريين، مما يؤدي إلى تقليل مستوى الكفاءة والمهارات اللازمة لتقديم تعليم جيد.
7- عدم التعاون بين المؤسسات التعليمية الخاصة والحكومة، مما يؤدي إلى تقليل الدعم المالي والتقني المتاح للمؤسسات التعليمية الخاصة.