يوجد عدة أسباب لأمراض الجهاز التناسلي والجنس، بما في ذلك:
1- العدوى الجرثومية: منها الإلتهابات الجرثومية للمثانة والأمراض المنقولة جنسياً مثل الشلل الرعاش والأيدز.
2- التهابات فطرية وفيروسية مثل الزهري والمرض النسجي والتهاب بطانة الرحم.
3- الاضطرابات الهرمونية: مثل عدم انتظام الدورة الشهرية والأمراض التي تتعلق بخلل هرموني مثل متلازمة تكيس المبايض.
4- الجروح والإصابات: مثل الحروق والكدمات والإصابات الناتجة عن العمليات الجراحية كعملية الولادة القيصرية.
5- الإجهاد النفسي: الذي يؤدي إلى انخفاض الرغبة الجنسية وقد يؤثر في حدة الأداء الجنسي.
6- التبعية على المواد الكيماوية والمخدرات.
وتعتمد الأسباب على نوع وطبيعة المرض والتشخيص والعلاج اللازم.