تخمير الطعام هو عملية تحويل المواد العضوية إلى مواد أكثر فائدة للجسم. تستخدم الهندسة الصناعية الغذائية العديد من الأساليب لتخمير الطعام، ومنها:
1- التخمير الطبيعي: وهو عملية تخمير الطعام باستخدام البكتيريا والخمائر الطبيعية.
2- التخمير المخبري: وهو استخدام الخمائر والبكتيريا المخبرية لتخمير الطعام.
3- التخمير المشترك: وهو استخدام الخمائر الطبيعية والمخبرية معًا لتحسين عملية التخمير.
4- التخمير بالإنزيمات: وهو استخدام الإنزيمات لتحسين عملية التخمير.
5- التخمير بالميكروبات المعدلة وراثياً: وهو استخدام الميكروبات المعدلة وراثياً لتخمير الطعام بطريقة محددة.
تستخدم هذه الأساليب في صناعات الألبان، والخبز، والجبن، والخضروات المخمرة، واللحوم المخمرة، والمشروبات المخمرة مثل النبيذ والبيرة.