هناك العديد من أساليب التصميم الحاسوبي المستخدمة في الكيمياء الدوائية، ومنها:
1- التصميم الجزيئي: وهي أسلوب يستخدم لتصور التفاعلات الكيميائية بين المركبات العضوية. وتتمثل هذه العملية في إنشاء نماذج ثلاثية الأبعاد للجزيئات باستخدام برامج الحاسوب وإجراء تفاعلات بينها لتصميم الجزيئات الدوائية المرغوبة.
2- التحليل الكمي: وهو أسلوب يستخدم للحصول على معلومات حول المركبات الدوائية المراد تحليلها من خلال إجراء عمليات حسابية عالية الدقة باستخدام الحواسيب.
3- النمذجة الإحصائية: وهي أسلوب ملائم لتشخيص التوزيعات الإحصائية المختلفة للبيانات المكررة للأدوية والجزيئات الكيميائية وتحليل النماذج الإحصائية المختلفة.
4- التصميم الهيكلي: ويهدف إلى إنشاء موديلات كيميائية مختلفة للأهداف البيولوجية والتنوع الهيكلي للجزيئات الدوائية لتعزيز التفاعل بين المركبات المستهدفة والبيئة البيولوجية لتحسين التأثير الدوائي.