تتضمن أساليب تحليل البيئة للموارد المائية ما يلي:
1- الدراسات الميدانية: حيث يقوم الباحثون بزيارة المناطق المائية وجمع البيانات والمعلومات على الطبيعة والتغيرات في المياه.
2- التحليل المكاني: ويتعلق بتحديد المساحات والأماكن التي تحتاج إلى تشغيل مشاريع لحماية الموارد المائية، مثل تحديد المناطق المأهولة والصناعية والزراعية.
3- البحث العلمي: حيث يتم جمع المعلومات عن النظم البيئية للموارد المائية وكيفية تأثير النشاطات البشرية عليها.
4- استخدام نظم المعلومات الجغرافية: وهو تقنية تتيح للباحثين التحكم في المعلومات الجغرافية والمتعلقة بالبيئة والموارد المائية.
5- التحليل الاقتصادي: ويشمل تحليل تكاليف وأرباح العديد من المشاريع المرتبطة بحماية وإدارة الموارد المائية، كما يتضمن تحليل تكاليف تفريغ المياه الملوثة على البيئة.