تُستخدم عدة أساليب لاستخلاص المواد الكيميائية الفوق جزيئية، ومن أهم هذه الأساليب:
1- التقطير: حيث يتم تسخين المزيج الذي يحتوي على الجزيئات الكيميائية لدرجة حرارة محددة، حيث يتبخر المذيب ويتحوّل إلى بخار ليتم تقطيره وفصله عن الجزيئات الأخرى.
2- الاستخلاص بالمذيبات: حيث يتم خلط المزيج المراد فصله بمذيب مناسب، لينحل فيه المركب المطلوب، وتتم فصله عن المواد الأخرى باستخدام الترشيح أو الطرد المركزي.
3- التبادل الأيوني: حيث يتم استخدام راتنجات تحتوي على مجموعات أيونية مُحددة، ليتم ترشيح المذيب من خلالها واستخلاص المادة المطلوبة بعد إجراء العديد من الدورات.
4- التحليل المنهجي الكيميائي: حيث يتم استخدام أدوات مختلفة لفصل المواد الفوق جزيئية وتحويلها إلى صورة نقية، مثل التحليل الكروماتوغرافي والتحليل الطيفي وغير ذلك.