تتم إدارة الميزانية في القطاع الحكومي عبر عدة طرق، ومن أبرزها:
1- ميزانية تقديرية: وهي الميزانية التي يتم وضعها للتخطيط المستقبلي للإنفاق في العام المالي الذي تم إعدادها له، وتعد هذه الطريقة من أكثر الطرق شيوعاً في الحكومات.
2- الميزانية الخطية: وهي الميزانية التي يقتصر إنفاق الحكومة فيها على نفقات الأجور و الإصلاحات الضرورية، في حين يتم تجميد بقية النفقات.
3- ميزانية الأداء: وهي الميزانية التي يتم من خلالها وضع أهداف للحكومة وإنفاقها يتم توجيهها لتحقيق هذه الأهداف.
4- الميزانية المبرمجة: وهي الميزانية التي يتم من خلالها توجيه الإنفاق بشكل مباشر لتحقيق الأهداف المحددة، وتعد هذه الطريقة أكثر فعالية في تحقيق الأهداف المحددة.
5- ميزانية المشاريع: وهي الميزانية التي يتم من خلالها إدارة مصاريف المشاريع وهي ميزانية تضم كافة التفاصيل المتعلقة بالمشروع.
6- ميزانية البرامج: وهي الميزانية التي يتم من خلالها إدارة مصاريف البرامج الحكومية، وتعتمد هذه الطريقة على الأداء المتوقع للبرنامج وأهدافه.