تشمل أساليب إدارة الموارد المائية في الأنظمة البيئية المائية ما يلي:
1- إدارة استخدام المياه: تتضمن تحديد المصادر المائية والكميات المتاحة، وتحديد استخدامات المياه الأساسية والثانوية، والتخطيط لتحسين كفاءة استخدام المياه.
2- إدارة الإنزياح: تتعلق بتحديد طرق التخلص السليمة والآمنة للمخلفات والملوثات المائية، وتعزيز الممارسات الصحية للحد من الأمراض المائية.
3- إدارة التخفيف: تشمل تطبيق إجراءات لتخفيف تأثير التغييرات المناخية والطوارئ المائية.
4- إدارة الحفاظ على الحيوانات والنباتات المائية: تهدف إلى المحافظة على التنوع البيولوجي للأنظمة البيئية المائية من خلال حماية الأنواع المائية المهددة بالانقراض.
5- إدارة الحوض الإقليمي: تعني التخطيط للأنشطة الإنسانية في البحيرات والأنهار وحفظ الإيكولوجية البحرية وحماية الموارد المائية.
6- إدارة الموارد الجوفية: تشمل تحديد مستويات المياه الجوفية وتحديث قواعد البيانات، وتعزيز الممارسات المستدامة للاستخدام.
7- إدارة التنسيق: تعني التنسيق بين جميع الجهات المسؤولة عن إدارة الموارد المائية في النظام البيئي المائي بما يتماشى مع قوانين وتشريعات الحوض الإقليمي والحكومات المحلية.