بعض أدوات علم الأحياء القديمة المستخدمة في البحوث هي:
1- المجهر: يستخدم لرؤية وتحليل الكائنات الدقيقة والخلايا.
2- البيوتيوب: أنبوب زجاجي يستخدم في تخزين وتحليل العينات الحية.
3- السوائل الصبغية: تستخدم لصباغة العينات الموجودة على الأجهزة الزجاجية لتحديد مكوناتها.
4- الأدوات الميكروبية: تستخدم لعزل الميكروبات وتحديد ما إذا كانت بكتيريا أو فطريات أو فيروسات.
5- الأدوات المناعية: تستخدم في تحليل التفاعلات الكيميائية بين المركبات الحية ومرضى المناعة.
6- النظائر المشعة: تستخدم في الكشف عن الجزيئات الدقيقة في الخلايا والأنسجة.
7- النظام البيئي: يساعد على فهم العلاقات بين الحيوانات والنباتات والأحياء وعلاقتهم بالبيئة الطبيعية.