تختلف أدوات الرسم المستخدمة في علم الجماجم حسب الغرض المطلوب من الرسم وتقنية الرسم المفضلة لدى الفنان. ومن بين الأدوات الشائعة المستخدمة في رسم جماجم:
– قلم الرصاص والأقلام الرصاصية المختلفة
– أقلام الحبر المختلفة (الجاف، الرطب، الفرشاة)
– الألوان المائية
– أدوات الرسم الحديثة مثل الأقلام الرقمية واللوحات الإلكترونية.