تشمل أدوات الاستكشاف والتحليل المستخدمة لدراسة جسم الإسفنج:
1- المجهر الإلكتروني الماسح (SEM): يستخدم لعرض الصور العالية الدقة للإسفنج وتحليل تركيبها الداخلي.
2- المجهر الإلكتروني النقطي (TEM): يستخدم لدراسة الهيكل الداخلي لجسم الإسفنج على مستوى الخلايا.
3- تقنية الليزر الثلاثي الأبعاد (3D الليزر): تستخدم لتوليد نماذج ثلاثية الأبعاد للإسفنج وتحليل هيكله.
4- التحليل الجزيئي: يستخدم لتحديد مكونات الإسفنج على المستوى الجزيئي وتحليل البروتينات والجينات الموجودة فيه.
5- تقنية الأشعة السينية: تستخدم لدراسة التركيب الكيميائي للإسفنج وتحليل المركبات الكيميائية الموجودة فيه.