تعتمد آليات استخدام الديناصورات الحيوية في الهندسة البيولوجية على نوع العمل الذي يراد إتمامه، وتشمل بعض هذه الآليات:
1- الجينات المعدلة وراثياً: يمكن استخدام الديناصورات الحيوية في عمليات تعديل وتعزيز الجينات في الكائنات الحية، مثل إضافة جين لزيادة كفاءة الأيض أو جين لزيادة مقاومة النباتات للآفات والأمراض.
2- الطفيليات البروتينية: يمكن استخدام بعض الطفيليات الحيوية في الهندسة البيولوجية لمساعدة في عمليات انتاج البروتينات المفيدة، مثل الأنزيمات والعوامل المضادة للفيروسات.
3- الفيروسات المعدلة وراثياً: يمكن استخدام هذه الديناصورات الحيوية في عمليات تعديل الفيروسات لاستخدامها في علاج الأمراض، مثل فيروسات الأنفلونزا المعدلة جينياً لزيادة فاعليتها في الوقاية من الأمراض.
4- البكتيريا المعدلة وراثياً: يمكن استخدام الديناصورات الحيوية في خلق بكتيريا معدلة جينياً لتنتج الإنزيمات والمركبات الكيميائية المفيدة، مثل الأنزيمات المستخدمة في الهندسة الوراثية، والأحماض الأمينية المستخدمة في صناعة الأغذية والمشروبات.