تشمل آثار انتقال الأمراض الجنسية على الجهاز التناسلي الآتي:
1- التهابات البطانة المهبلية والرحمية.
2- التهابات البروستاتا والخصية.
3- العقم عند الرجال والنساء.
4- تشوهات خلقية في الجنين.
5- الإصابة بسرطان الأعضاء التناسلية لدى الرجال والنساء.
6- تقلص حجم وظيفة الخصية لدى الرجال.
7- الإصابة بالتهاب الملتحمة المخاطي والتهاب الحلق.
8- قد تؤدي بعض الأمراض الجنسية إلى تلف الجهاز العصبي وحدوث تشنجات عضلية.