يتألف نظام التعليم الثانوي في اليابان من ثلاثة أنواع من المدارس:
1- المدارس الثانوية العامة (Kokkou koukou): توفر هذه المدارس التعليم الثانوي العام للطلاب الذين يبلغون من العمر 15-18 سنة ، وهي تغطي الصفوف من العاشر إلى الثاني عشر.
2- المدارس الثانوية التقنية (Koutou kougyou koukou): توفر هذه المدارس التعليم الثانوي للطلاب الذين يرغبون في دراسة المواد التقنية والعملية ، وهي تغطي نفس الصفوف كمدارس الثانوية العامة.
3- المدارس الثانوية الخاصة (Tokushu koukou): توفر هذه المدارس التعليم الثانوي للطلاب الذين لديهم مواهب خاصة في المجالات الرياضية أو الفنية أو الثقافية ، وتغطي نفس الصفوف كمدارس الثانوية العامة.
بعد التخرج من المدرسة الثانوية ، يدخل الطلاب الجامعات أو المدارس التقنية العليا. يتطلب الالتحاق بالجامعة امتحانًا ونظام مقابلة لتقييم قدرات الطالب ونجاحه في الامتحان.