الهيكل الإداري البهائي يتكون من الأساس من المجالس التي تعمل بشكل مستقل وذات شعبية وتعمل بانضباط تحت رئاسة المجمع العالمي للديانة البهائية. وهم يتألفون من:
1- المجلس الأعلى للديانة البهائية: يدير الأعمال العليا في الكنيسة.
2- المجلس الدولي: ينظم الوظائف العامة للمجتمع البهائي.
3- المجلس الإقليمي: يشرف على الشؤون المحلية للمجتمعات البهائية في مناطق مختلفة والشؤون الدينية في المجتمعات البهائية ويساعد في إقامة العلاقات بين الكنيسة والحكومات والشركات.
4- المجلس المحلي: المجلس الذي يحكم المجتمع الفرعي.
تُدار هذه المجالس البهائية داخليًا من خلال انتخاب الأعضاء من قبل المجتمعات البهائية المحلية، ولكنها تتبع جميعها توجيهات وإرشادات المجمع العالمي.