يتم استخدام مجموعة متنوعة من نظام التشغيل في سيرفرات الويب، بما في ذلك:
1- نظام تشغيل لينكس (Linux)
2- نظام تشغيل ويندوز (Windows)
3- نظام تشغيل ماك أو إس (Mac OS X)
4- إحدى الإصدارات الأخرى من Unix
ومعظم خوادم الويب تستخدم نظام تشغيل لينكس بسبب قدرته على توفير أداء عالي وعالي الموثوقية والأمان. يعد Linux أيضًا مجاني ويوفر مجموعة كبيرة من الأدوات والتطبيقات المفتوحة المصدر للمبرمجين. ومع ذلك، فإن استخدام نظام تشغيل ويندوز يتطلب ترخيصًا مدفوعًا ويعد وجود مشاكل الأمان فيه أكثر شيوعًا.بينما نظام تشغيل ماك أو إس قد يكون قيد الاستخدام في بعض الحالات، بما في ذلك مستخدمي الوسائط المتعددة. بينما Unix هو نظام تشغيل ذو سمعة جيدة في الأداء والموثوقية، ولكنه عادة ما يكون مكلفًا.