تقنية الأوبئة الجزيئية (Molecular Epidemiology) هي تقنية تستخدم في مجال الوبائيات لتحليل العوامل المرضية المسببة للأمراض عن طريق دراسة المستويات الجزيئية للفيروسات أو البكتيريا أو الفطريات أو الطفيليات.
ويتم ذلك من خلال الكشف عن الاختلافات في الحمض النووي للكائن الحي، وذلك بإجراء تحليلات واسعة النطاق على عينات الدم أو اللعاب أو السوائل الأخرى التي تحتوي على المسبب المرضي.
وتضمنت تطبيقات تقنية الأوبئة الجزيئية دراسة انتشار الأمراض الفيروسية والبكتيرية والطفيلية، والتعرف على المسببات المرضية وجذور انتقال العدوى، وتحديد مصادر التفشي للأمراض، وتصميم اللقاحات والأدوية الجديدة.