يستخدم علم الجماجم في العلم القانوني لتحديد هوية الجثث وإثبات الجرائم. فعندما يتم العثور على جثة مجهولة يمكن استخدام علم الجماجم لتحديد هويتها من خلال دراسة تشكيل الجمجمة وحجمها وخصائص الأسنان والفكين. كما يمكن استخدام هذا العلم لتحديد الأطفال المفقودين أو المتوفين والأشخاص الذين يتعرضون للتعرف الجنائي كما يمكن استخدام علم الجماجم في المحاكم لحل القضايا المتعلقة بتعرف الجناة والمتهمين.
