تلعب المياه الجوفية دوراً حيوياً في تشكل الجيومورفولوجيا، حيث تؤثر على السطح الأرضي وتساهم في تشكيل الأشكال الطبيعية المختلفة. وتتضمن هذه الأشكال الجبال والوديان والكهوف والأنهار والينابيع والمنخفضات والأهوار والمستنقعات والبحيرات.
تتحكم المياه الجوفية في الإنحدار والتآكل والترسب وتشكل التضاريس الطبيعية المختلفة، وتحدد إلى حد كبير ما إذا كانت الأراضي الزراعية قابلة للزراعة أو لا، وتؤثر على نظام الغابات ومجرى الأنهار والخلجان، وتحدد مدى توافر المياه للاستخدام الإنساني.
إلى جانب ذلك، تعمل المياه الجوفية على الحفاظ على التنوع الحيوي والأنظمة البيئية المتنوعة، حيث تساعد على تزويد الحيوانات والنباتات بالمياه اللازمة للنمو والتكاثر، وتحفظ التربة والغطاء النباتي، وبالتالي تقلل من تأثير الأحداث البيئية القاسية مثل الجفاف والحرائق والفيضانات والانجرافات.