تلعب البكتيريا دورًا هامًا في المناعة الفسيولوجية أو الطبيعية للجسم، فهي تساعد على تنظيم العديد من الوظائف الحيوية للجسم مثل الهضم والامتصاص الصحيح للمغذيات والماء، كما تساهم في إنتاج الفيتامينات الضرورية وإطلاق المواد الكيميائية لتنشيط الجهاز المناعي وحماية الجسم من الإصابة بالأمراض الفيروسية والجرثومية.
بعض البكتيريا تعيش في أجزاء مختلفة من الجسم مثل الأمعاء والفم والتنفس، وتؤدي وظيفة دفاعية مهمة بمنع نمو وتكاثر بكتيريا ضارة ومساهمة في تطوير المناعة الفسيولوجية للجسم. وبالتالي، فعند تعرض الجسم للعديد من الأمراض المتعلقة بتكوين بكتيريا وفيروسات ضارة في الجسم، فإن زيادة تناول البكتيريا النافعة التي تدخل الجسم عبر الغذاء أو الإضافة المهدئة للبكتيريا يمكن أن يساعد في الحد من تفاقم الأمراض.
