الشنتوية ليست دينًا مركزيًا يتم تحكمه بشكل كامل من قبل إدارة مركزية. ومع ذلك ، يتم تشجيع وحماية معابد الشنتو في اليابان بواسطة وكالة الشؤون الدينية اليابانية التي تتبع وزارة التربية والثقافة والرياضة. وتقدم هذه الوكالة الدعم والتمويل لبعض الأنشطة والأحداث الدينية في معابد الشنتو.
ومن الجدير بالذكر أن هناك بعض المذاهب الشنتوية الصغيرة تتطلب الإدارة المركزية، ومثال عليها مذهب “تياماتسو تسوكويري”، والذي يلزمه تحمل التكاليف المادية لتنظيم النشاطات اليومية و الاحتفالات واحياناً تدخل الإدارة المحلية لتسهيل الإجراءات والعمل بشكل أفضل.
