الهندسة الزراعية الحيوية هي فرع من الهندسة الزراعية يتضمن استخدام التكنولوجيا والتكنيكات الحيوية لتحسين إنتاج النباتات والحيوانات في الزراعة. يشمل ذلك تصميم وتطوير الأنظمة المائية ، وتحسين تربية الحيوانات، وتحسين الجودة والكمية للمحاصيل أو الحيوانات المراد تربيتها. وتستخدم العديد من التقنيات المتطورة في الهندسة الزراعية الحيوية مثل الهندسة الوراثية و النانوتكنولوجي والتحكم الآلي.