تاريخ المسيحية في السودان يرجع إلى القرن الأول الميلادي، عندما وصلت الديانة المسيحية إلى الجزيرة العربية ومنها إلى شمال أفريقيا. وتأسست الكنائس النوبية في القرن السابع الميلادي في منطقة السودان الحالي، وكانت هذه الكنائس تتبع الطقوس القبطية والأرثوذكسية.
وتعرضت المسيحية في السودان للتهميش والاضطهاد خلال بعض الفترات التاريخية، وخصوصاً في فترة حكم الخلافة الفاطمية في القرن الحادي عشر الميلادي. ولكن تمكنت من الاستمرار والتأثير في الثقافة والمجتمع، وكانت تشكل أغلبية المسيحيين في السودان حتى انفصال الجنوب عن الشمال عام 2011. وبعد ذلك، أصبحت الأقلية المسيحية في السودان، وتتعرض لانتهاكات حقوق الإنسان والاضطهاد من قبل النظام الحاكم.
