تؤثر العوامل البيئية على الخلية الحية الوحيدة الخلوية بطرق مختلفة، فعلى سبيل المثال:
1- درجة الحرارة: يمكن لارتفاع درجة الحرارة أو انخفاضها الشديد أن يؤدي إلى تعرض الخلية للضرر أو الموت.
2- الرطوبة: تؤثر الرطوبة على عملية التمثيل الغذائي ونقل المواد الغذائية والعناصر الغذائية داخل الخلية.
3- التعرض للإشعاع: التعرض للإشعاع الشديد قد يؤدي إلى تلف الحمض النووي داخل الخلية وبالتالي يمكن أن يؤدي إلى تحطيم الجزيئات.
4- نسبة الأوكسجين: يعتمد نمو الخلية الحية الوحيدة الخلوية على نسبة الأوكسجين في الهواء المحيط به، وتحتاج الخلية إلى كمية كافية من الأوكسجين لإنتاج الطاقة التي تعمل بها. والشح ف أو الزيادة في الأوكسجين يؤثر على نمو الخلية.
5- مكونات الغذاء: يؤثر نوع وجودة المواد الغذائية التي تتقدم في الخلية على نموها وعلى قدرتها على إنتاج الطاقة.