يؤثر التلوث على هندسة التربة المائية بشكل كبير، حيث يؤدي إلى تغيير خصائص التربة المائية وتأثيرها على الأنظمة البيئية المائية المختلفة. قد يؤدي التلوث إلى تغيير الخصائص الفيزيائية والكيميائية للتربة المائية، مما يزيد من قابلية الانهيار وتدهور الخصائص الميكانيكية للتربة.
ويؤدي التلوث أيضًا إلى تغيير التركيب البيولوجي للتربة المائية، حيث قد يؤدي إلى تغيير النظام البيئي للتربة المائية وسلسلة الغذاء التي تتيحها الأنظمة الطبيعية. وهذا بدوره يؤثر على الحيوانات والنباتات المعيشية في المنطقة المتأثرة بالتلوث.
وتؤثر العوامل الكيميائية التي تنتج من التلوث على الميكروبات والأحياء المائية في التربة، وهذا يؤدي إلى خطورة الجراثيم والمرضي المنتشرة في المياه والتي تؤدي إلى انتشار الأمراض الخطيرة. وبالإضافة إلى ذلك، يؤدي التلوث إلى تغير الصبغة الجينية للميكروبات وهذا يجعلها أقوياء في سبيل البقاء، ويزيد من فرص عدوى البشر والحيوانات. ويمكن لهذه التغيرات في التربة المائية أن تؤثر على الإنتاج الزراعي والحيواني في منطقة معينة.