التغيرات البيئية تؤثر بشكل كبير على تفاعلات الكائنات الحية في النظام الإيكولوجي. فعلى سبيل المثال، يمكن أن يؤدي تغير درجة الحرارة أو نوعية التربة إلى تغيرات في توزيع الكائنات الحية وتفاعلاتها مع بعضها البعض ومع البيئة المحيطة. وقد يؤدي ذلك في بعض الحالات إلى تغيرات في التوازن الإيكولوجي والتأثير على وظائف النظام الإيكولوجي بشكل عام. وفي حالة تغيرات كبيرة في البيئة، مثل حدوث زلازل أو فيضانات أوتسونامي وغيرها، يمكن أن يؤدي ذلك إلى اندثار بعض الكائنات الحية وتغير جذري في النظام الإيكولوجي.