تختلف آراء الخبراء حول تأثير اتفاقات التجارة الحرة على التجارة الداخلية، ولكن بشكل عام فإن هذه الاتفاقات قد تسبب تأثيرات إيجابية وسلبية على الاقتصادات الداخلية للدول المتعاقدة عليها.
من جهة، فإن توسيع نطاق التجارة بما في ذلك الاستثمار والخدمات وغيرها من القطاعات، يمكن أن يؤدي إلى زيادة حجم الاستثمارات وتدفق الأموال في الدول المتعاقدة، مما يمكن أن يؤدي إلى نمو الاقتصاد وزيادة فرص العمل وزيادة الدخل للأفراد.
من ناحية أخرى، فإن الاتفاقات التجارية الحرة يمكن أن تسبب زيادة في المنافسة بين المنتجين المحليين والمستوردين، وفي بعض الأحيان يمكن أن تؤثر سلباً على الصناعات المحلية وزيادة معدلات البطالة، وقد تؤدي إلى تقليلها بشدة في بعض المناطق.
وبالإضافة إلى ذلك، يرى البعض أن اتفاقات التجارة الحرة يمكن أن تؤدي إلى تدهور المعايير البيئية وحقوق العمال، حيث تسمح هذه الاتفاقات في بعض الأحيان بإنتاج السلع بنفس مستويات الجودة والمعايير التي يتم الانتاج بها في الدول المنتجة المنخفضة التكلفة.
وفي النهاية، يتوقف تأثير اتفاقات التجارة الحرة على التجارة الداخلية على عدة عوامل، مما يؤكد أهمية تصميم هذه الاتفاقيات بشكل يحافظ على قدرتنا على استثمار الاقتصادات المحلية وتوفير الوظائف والأدوات اللازمة لزيادة شعور الناس بالرفاهية والاستقرار، ومع ذلك يمكن تحقيق توازن تجاري فيما يتعلق بالتجارة المحلية والدولية.