هناك عدة اختلافات بين نظم التشغيل desktop و mobile، وتشمل بعض الفروقات التالية:
1- الحجم: يعتبر نظام التشغيل المستخدم في أجهزة الكمبيوتر الشخصي “desktop” أكبر حجمًا من تلك المستخدمة في أجهزة الهواتف الذكية “mobile”.
2- واجهة المستخدم: تختلف واجهة المستخدم لنظام التشغيل desktop عن تلك المستخدمة في نظام التشغيل mobile، وذلك بسبب حجم الشاشة والأدوات والتطبيقات الأخرى المستخدمة في كل منهما.
3- طريقة التحكم: تختلف طريقة التحكم بين نظام التشغيل desktop و mobile، حيث يتم التحكم في نظام desktop من خلال لوحة المفاتيح والفأرة، بينما يتم التحكم في نظام mobile عن طريق اللمس والاهتزاز.
4- التطبيقات: تختلف تطبيقات نظام التشغيل desktop عن تلك المستخدمة في نظام التشغيل mobile، حيث يوجد الكثير من التطبيقات والبرامج تم تصميمها خصيصًا لنظام desktop والكثير لنظام mobile.
5- الأمان: يختلف مستوى الأمان بين نظام التشغيل desktop و mobile، حيث يوجد المزيد من المخاطر والتهديدات الأمنية في نظام mobile والتي قد تؤثر على سلامة المستخدم.