تسبب صناعة الأسماك والمحار تأثيرًا بيئيًا كبيرًا على المحيطات والبيئة البحرية لعدة أسباب من بينها:
1- استخدام المواد الكيميائية: يستخدم بعض مربي الأسماك مبيدات الآفات والأدوية البيطرية لمكافحة الأمراض والعدوى التي يمكن أن يعاني منها الأسماك. هذه المواد الكيميائية في بعض الأحيان قد تتسرب إلى المحيطات والأنهار المجاورة. وتؤدي المواد الكيميائية السامة إلى تلوث المياه وتأثيرها على الأحياء البحرية الأخرى.
2- تغيير المناخ: تشتمل صناعة الأسماك والمحار على تربية الأنواع المحددة من الأسماك والمحار في البيئات الاصطناعية. وبسبب ذلك، فقد يؤدي ذلك إلى تغيير المناخ والتلوث في المنطقة المجاورة. ولهذا السبب، يجب على مربي الأسماك اتخاذ إجراءات للحد من تأثير التغييرات المناخية.
3- تلوث المياه: التربية السائبة للأسماك (نظام تربية الأسماك في البحر) وقواعد الاستزراع في النظام المغلق (نظام تربية الأسماك في الأماكن المغلقة، مثل البرك وأحواض السمك) تنتج مجموعة متنوعة من النفايات العضوية والأملاح. وتؤدي نفايات الأسماك إلى تراكم النترات والفوسفات والكيماويات الأخرى في المياه، مما يؤدي إلى تغيير تركيبة الجزيئات في المياه وتلوث المحيط.
4- نفوق الأسماك: يعتقد بعض الخبراء أن تربية الأسماك قد تؤدي إلى نفوق أعداد كبيرة من الأسماك بسبب الإجهاد ونقص قيم التغذية وضعف المناعة. ويمكن أن يشكل نفوق الأسماك تأثيرًا على الأنظمة البيئية المحيطة، مما يؤدي إلى تراكم النفايات والتلوث وارتفاع مستويات المياه الملوثة.